Tuy nhiên nhà thờ Bagerhat đã và đang gặp phải nhiều mối đe dọa. Trước hết là mối  đe dọa của hàng loạt các hoạt động trái phép đang làm cho nhà thờ xuống  cấp nhanh chóng. Bên cạnh đó độ mặn, sự khắc nghiệt của đất và không  khí, tác động của biến đổi khí hậu đều ảnh hưởng rất lớn và có khả năng  đe dọa sự toàn vẹn của Nhà Thờ

Hiện nay Nhà thờ hồi giáo Bangerhat là tài sản được quản lý theo Đạo luật Antiquities năm 1968 (sửa đổi 1976). Ngoài ra, Sở Khảo cổ học bảo vệ tài sản Bangladesh đang trực tiếp quản lý Nhà thờ này. Cục Khảo cổ học đảm bảo rằng các hoạt động không phù hợp có thể ảnh hưởng đến giá trị nổi bật toàn cầu về của nhà thờ như các tòa nhà cao tầng hoặc cơ sở hạ tầng xây mới không thể được xây dựng trong hoặc gần khu vực di sản, và không ai có thể thay đổi kiến trúc hoặc thay đổi nội dung di tích trong phạm vi Di sản thế giới này.

Chính phủ Bangladesh rất ý thức được việc giữ gìn Nhà thời vì vậy việc thực hiện các khuyến nghị trên đã được Chính phủ nêu trong Quy hoạch trình Unesco từ năm 1973. Tuy nhiên những  nỗ lực trong việc tìm kiếm nguồn tài chính để giải quyết các vấn đề bảo  tồn lại không được như ý, vì vậy Chính phủ Bangladesh đã lập một dự án  mới có tên Phát triển các dự án cơ sở hạ tầng cho du lịch tại  Bangladesh. Theo đó, nguồn thu từ du lịch sẽ để dùng để bảo tồn di sản,  dựa vào nguồn thu này Chính phủ sẽ có những kế hoạch lâu dài cho việc  bảo tồn và phát huy các giá trị nổi bật toàn cầu của di sản.

_______________________NLH (Nguồn Bộ VH TT & DL)